2006年我國通過了修訂后的《中華人民共和國合伙企業(yè)法》，建立了有限合伙制度。該制度結(jié)合了公司和普通合伙兩種企業(yè)制度的優(yōu)點(diǎn)，因其不可替代的優(yōu)越性，深受投資人的青睞。有限合伙企業(yè)被廣泛應(yīng)用于投資持股，如有限合伙基金、員工股權(quán)激勵等等。

但因合伙企業(yè)稅制仍不完善，實(shí)務(wù)中通過有限合伙持股仍然存在諸多稅務(wù)難點(diǎn)和爭議點(diǎn)。納稅人選擇通過有限合伙進(jìn)行對外投資時，應(yīng)考慮相關(guān)的稅務(wù)影響。其中有關(guān)有限合伙基金的稅制存在較多細(xì)節(jié)，限于篇幅我們將另文討論。

一、有限合伙企業(yè)稅制概述

根據(jù)《合伙企業(yè)法》的規(guī)定，有限合伙企業(yè)是由普通合伙人和有限合伙人組成的合伙企業(yè)，其中普通合伙人對合伙企業(yè)債務(wù)承擔(dān)無限連帶責(zé)任，有限合伙人以其認(rèn)繳的出資額為限對合伙企業(yè)債務(wù)承擔(dān)責(zé)任。

《國務(wù)院關(guān)于個人獨(dú)資企業(yè)和合伙企業(yè)征收所得稅問題的通知》（國發(fā)〔2000〕16號）規(guī)定，自2000年1月1日起，對個人獨(dú)資企業(yè)和合伙企業(yè)停止征收企業(yè)所得稅，其投資者的生產(chǎn)經(jīng)營所得，比照個體工商戶的生產(chǎn)、經(jīng)營所得征收個人所得稅。

《關(guān)于個人獨(dú)資企業(yè)和合伙企業(yè)投資者征收個人所得稅的規(guī)定》（財稅〔2000〕91號），規(guī)定了合伙企業(yè)生產(chǎn)經(jīng)營所得和其他所得采取“先分后稅”的原則，《關(guān)于合伙企業(yè)合伙人所得稅問題的通知》（財稅[2008]159號）再次對“先分后稅”原則的細(xì)節(jié)進(jìn)行明確。即：合伙企業(yè)實(shí)現(xiàn)的所得，無論利潤分配與否，均按照合伙比例計算各合伙人的應(yīng)稅所得。其中，自然人合伙人根據(jù)所得的性質(zhì)分別適用“利息、股息、紅利所得”和“個體工商戶的生產(chǎn)、經(jīng)營所得”繳納個人所得稅，法人合伙人則繳納企業(yè)所得稅。

2021年12月30日，財政部、稅務(wù)總局發(fā)布的《關(guān)于權(quán)益性投資經(jīng)營所得個人所得稅征收管理的公告》（財政部稅務(wù)總局公告2021年第41號）（以下稱“41號公告”）中還規(guī)定，個獨(dú)合伙企業(yè)負(fù)有主動如實(shí)向稅務(wù)機(jī)關(guān)報送持有權(quán)益性投資的義務(wù)。

二、有限合伙為何廣受投資人青睞

根據(jù)《合伙企業(yè)法》的規(guī)定，有限合伙企業(yè)由普通合伙人和有限合伙人組成。有限合伙這種組織形式之所以深受投資人青睞，是因?yàn)橥ㄟ^有限合伙企業(yè)持股具有如下優(yōu)勢：

選擇有限合伙企業(yè)作為持股平臺，LP不執(zhí)行合伙事務(wù)，不得對外代表有限合伙企業(yè)，便于保障GP的控制權(quán)。比如員工持股平臺，一般由創(chuàng)始人擔(dān)任GP，被激勵的員工則作為LP進(jìn)入持股平臺，如此能夠充分保障創(chuàng)始人對公司的控制權(quán)。

LP僅履行出資義務(wù)即可，且承擔(dān)有限責(zé)任，便于有限合伙企業(yè)募集資金。

除此之外，根據(jù)《合伙企業(yè)法》和《企業(yè)所得稅法》，合伙企業(yè)屬于稅收透明體，在合伙企業(yè)這個層面不征收企業(yè)所得稅，經(jīng)營收益直接由合伙人繳納一次所得稅即可。對稅負(fù)的考量，也是人們選擇有限合伙持股的重要因素。

三、有限合伙持股，稅務(wù)難點(diǎn)有幾何？

1、核定征收被取消后，有限合伙企業(yè)即便注銷，合伙人依然存在被要求補(bǔ)稅的風(fēng)險

根據(jù)41號公告的規(guī)定，持有股權(quán)、股票、合伙企業(yè)財產(chǎn)份額等權(quán)益性投資的個人獨(dú)資企業(yè)、合伙企業(yè)，一律適用查賬征收方式計征個人所得稅。其實(shí)早在此前，北京、上海、江西、山東等多地已陸續(xù)取消核定征收。

其中，上海市稅局去年宣布：從2021年8月1日開始，上海一般納稅人個獨(dú)/合伙企業(yè)所得稅征收方式由核定征收全部改為查賬征收。我們知道，一年度內(nèi)不能有二種征收方式，所以查賬征收會從2021年1月1日開始，這意味著相關(guān)企業(yè)可能會面臨被要求補(bǔ)稅。隨著政策頒布，大量核定征收的有限合伙企業(yè)排隊(duì)注銷。

那么合伙企業(yè)注銷以后，稅務(wù)機(jī)關(guān)是否還能向相關(guān)的合伙人追繳稅款呢？有限合伙本身屬于所得稅的稅收透明體，不涉及繳納所得稅，而是由每個合伙人按規(guī)定繳納。因此，即使合伙企業(yè)被注銷，如果存在稅收違法行為或少繳稅款的行人，合伙人依然存在被追繳稅款的風(fēng)險，并且普通合伙人原本就承擔(dān)連帶責(zé)任。

2、有限合伙企業(yè)轉(zhuǎn)讓股權(quán)所得定性有爭議

自然人通過合伙企業(yè)轉(zhuǎn)讓股權(quán)所得如何納稅一直是個有爭議的問題。41號公告發(fā)布后，各地稅務(wù)機(jī)關(guān)陸續(xù)開展對存在股權(quán)轉(zhuǎn)讓行為的有限合伙企業(yè)的稅務(wù)檢查，要求投資者按照生產(chǎn)經(jīng)營所得5%—35%繳納稅款（選擇單一核算的基金除外）。然而，自然人直接投資情形下的財產(chǎn)轉(zhuǎn)讓適用20%的個人所得稅率，而通過有限合伙企業(yè)投資適用5%—35%的累進(jìn)稅率，在稅制上仍存在一定爭議。

我們認(rèn)為，對于自然人LP取得的所得性質(zhì)的界定，不應(yīng)該由于稅收透明體的存在而導(dǎo)致性質(zhì)發(fā)生改變，此類規(guī)定既不符合稅制原理，又違稅收中性原則。針對股權(quán)轉(zhuǎn)讓的稅收應(yīng)回到稅收中性原則，對其稅收安排不應(yīng)扭曲投資者和管理人的正常投資行為，保護(hù)投資者的積極性和不同組織形式的靈活性，為金融市場的健康發(fā)展和繁榮穩(wěn)定夯實(shí)制度基礎(chǔ)。

3、份額轉(zhuǎn)讓后的成本核算有爭議，容易造成經(jīng)濟(jì)性雙重征稅

我國對合伙企業(yè)層面不征收企業(yè)所得稅，而是穿透到合伙人層面征收所得稅，自然人合伙人繳納個人所得稅，法人合伙人繳納企業(yè)所得稅。在這種征稅原則下，就會出現(xiàn)合伙稅基確認(rèn)的問題。

例：自然人甲、乙分別以50萬人民幣現(xiàn)金出資設(shè)立合伙企業(yè)A（各持有A 50%的份額），A再以100萬人民幣現(xiàn)金出資設(shè)立有限責(zé)任公司B。當(dāng)年年末，公司B股權(quán)公允價值為500萬元。

當(dāng)年5月，自然人乙向自然人丙轉(zhuǎn)讓A的份額，轉(zhuǎn)讓對價為300萬元。據(jù)此乙確認(rèn)財產(chǎn)轉(zhuǎn)讓所得250萬元（300萬-50萬），應(yīng)納稅額為250*20%=50萬元。

當(dāng)年年末，A處置公司B股權(quán)，取得500萬元轉(zhuǎn)讓收入，此時若僅按照A持有公司B股權(quán)的投資成本作為可以扣除的計稅基礎(chǔ)，丙應(yīng)按照5%-35%的稅率就（500萬-100萬）*50%=200萬元的所得繳納個人所得稅。

可以看出，5月乙向丙轉(zhuǎn)讓A的份額時，轉(zhuǎn)讓對價已經(jīng)將公司B的股權(quán)公允價值考慮在內(nèi)，且由乙就此繳納20%的個人所得稅。那么若丙在年末股權(quán)價值增值實(shí)際實(shí)現(xiàn)時又按“經(jīng)營所得”繳納個稅，就造成了經(jīng)濟(jì)性重復(fù)征稅。

合伙企業(yè)作為稅收透明體，合伙人轉(zhuǎn)讓合伙企業(yè)份額和通過合伙企業(yè)轉(zhuǎn)讓資產(chǎn)，應(yīng)當(dāng)保持一致的稅務(wù)處理和實(shí)際稅負(fù)，但現(xiàn)行稅法并未對合伙企業(yè)份額轉(zhuǎn)讓后的成本核算問題進(jìn)行明確規(guī)定，導(dǎo)致實(shí)踐中爭議重重。

4、合伙企業(yè)轉(zhuǎn)讓上市公司股票需繳納增值稅，成本偏高

根據(jù)稅法規(guī)定，個人轉(zhuǎn)讓上市公司股票（除限售股外）取得的所得免征個人所得稅。個人從公開發(fā)行和轉(zhuǎn)讓市場取得的上市公司股票，持股期限超過1年的，股息紅利所得免征個人所得稅；持股期限在1個月以內(nèi)（含1個月）的，其股息紅利所得全額計入應(yīng)納稅所得額；持股期限在1個月以上至1年（含1年）的，減按50%計入應(yīng)納稅所得額；上述所得統(tǒng)一適用20%的稅率計征個人所得稅。個人轉(zhuǎn)讓上市公司股票，還可以享受增值稅免稅優(yōu)惠。

但若自然人使用有限合伙企業(yè)持股，轉(zhuǎn)讓上市公司股票時不僅要面對可能高達(dá)35%的個稅，通常因?yàn)橐鐑r，還需要按照“金融商品轉(zhuǎn)讓”繳納增值稅，稅率最高為6%，再加上增值稅附加等稅負(fù)，溢價部分的稅負(fù)率可能超過40%。

0 VS 40%，自然人到底該如何持股？

四、必須提及的區(qū)域性優(yōu)惠政策：海南自貿(mào)港與橫琴粵澳深度合作區(qū)

近年來，我國的粵港澳大灣區(qū)、海南自貿(mào)港和橫琴粵澳深度合作區(qū)等地先后制定了個人所得稅優(yōu)惠政策，以這種方式吸引人才、支持本地區(qū)建設(shè)。多地制定了個人所得稅負(fù)不超過15%的優(yōu)惠政策，吸引了越來越多投資者的目光，有關(guān)這些區(qū)域性稅收優(yōu)惠政策的更多具體細(xì)節(jié)，我們將另文討論。

有限合伙企業(yè)作為持股平臺，既有優(yōu)勢，又存在著不少稅收痛點(diǎn)?，F(xiàn)行稅法對有關(guān)有限合伙企業(yè)的核定征收、股權(quán)轉(zhuǎn)讓、稅基確認(rèn)及股票減持等方面的規(guī)定仍然略顯粗糙，導(dǎo)致合伙企業(yè)稅制在實(shí)踐中爭議重重。41號公告出臺后，合伙企業(yè)持股備受稅務(wù)機(jī)關(guān)關(guān)注。納稅人在選擇該類持股模式的時候，務(wù)必慎重。